การติดตามและประเมินผล (Monitoring and Evaluation : M&E) เป็นกระบวนการที่มีความสำคัญอย่างยิ่งในการสะท้อนผลสำเร็จของการพัฒนาประเทศด้วยความรู้และผลงานวิจัยและนวัตกรรม เพราะจะเป็นสิ่งที่พิสูจน์ได้ว่าผลลัพธ์และผลกระทบของการลงทุนเงินงบประมาณวิจัยและนวัตกรรมของประเทศจากผู้มีส่วนได้ส่วนเสียต่างๆ ได้นำมาสู่องค์ความรู้เพื่อที่จะนำไปพัฒนาประเทศตามเป้าหมายที่ได้วางไว้อย่างครบถ้วนสมบูรณ์ ในอีกแง่หนึ่ง การติดตามและประเมินผล จัดเป็นการสร้างความรับผิดชอบต่อสาธารณะ (Public Accountability) โดยเฉพาะอย่างยิ่ง การรับผิดชอบต่อการใช้ภาษีอากรของประชาชน นอกจากนั้นยังเป็นกระบวนการเรียนรู้และพัฒนาของผู้เกี่ยวของในระบบ ววน. ด้วย
ระบบติดตามและประเมินผลงานวิจัยและนวัตกรรมของประเทศ และระบบติดตามการประเมินผลการดำเนินงานของหน่วยรับงบประมาณที่ได้รับเงินงบประมาณจากกองทุน ววน. จัดทำขึ้นเพื่อติดตามผลลัและผลกระทบจากผลงาน ววน. ที่ตอบสนองต่อการพัฒนาประเทศตามแผนยุทธศาสตร์ชาติ 20 ปี และเพื่อให้การลงทุนเงินงบประมาณด้าน ววน. มีความโปร่งใส และทำให้เกิดความรับผิดรับชอบ (Accountability) ในระบบต่อการใช้งบประมาณอย่างคุ้มค่า
เป้าหมายและผสสัมฤทธิ์ในการติดตามและประเมินผลของกองทุน ววน. มี 2 มิติ คือ ผลงานในภาพรวมของกองทุน ววน. และผลการดำเนินงานของหน่วยรับงบประมาณ โดยการติดตามและประเมินผลในทางปฏิบัติจะใช้วิธีการรายงานในระบบข้อมูลสารสนเทศวิจัยและนวัตกรรมแห่งชาติ (NRIS) ยกเว้นในส่วนของการประเมินผลกระทบจะใช้ผู้เชี่ยวชาญภายนอก โดยทำการประเมินภายใต้กรอบและแนวทางที่คณะกรรมการติดตามและประเมินผลฯ กำหนดและการประเมินในส่วนของกระบวนการทำงาน จะดำเนินการโดยมีผู้ทรงคุณวุฒิที่คณะกรรมการติดตามและประเมินผลฯ แต่งตั้ง โดยมี สกสว. ทำหน้าที่สนับสนุนด้านวิชาการและงานเลขานุการ โดยมีเป้าหมายเพื่อให้หน่วยบริหารและจัดการทุน (PMU) และหน่วยรับงบประมาณนำข้อเสนอแนะที่ได้จากคณะผู้ทรงคุณวุฒิไปใช้ในการพัฒนากระบวนการทำงาน ส่งผลให้มีความสามารถในการบริหารและจัดการทุนได้สอดคล้องกับเป้าหมายกรพัฒนาประเทศ เกิดการนำผลงานวิจัยไปใช้ประโยชน์ สร้างผลลัพธ์และผลกระทบในวงกว้างต่อไป
